Bilim; artık yalnızca doğayı okumuyor, onu yeniden yazıyor. 2025, biyolojinin bu yazı dilini değiştiren bir yıl olarak tarihe geçebilir. Aynı yıl içinde iki ayrı araştırma, yapay zekânın (AI) yaşamın temellerine yani DNA ve RNA’ya doğrudan müdahale edebildiğini gösterdi.
İlki, memeli hücrelerinde gen ifadesini yönlendirebilen tamamen AI tasarımı DNA dizilerini tanıttı. Diğeri ise, AI tarafından tasarlanmış virüslerin canlı bakterileri enfekte edip öldürebildiğini açıkladı.
Birinde hücreye “nasıl davranması gerektiği”, diğerinde ise yaşamın sınırına “yeni bir yazar” olabileceğini gösterdi. Nedir bu gelişmeler hadi bir bakalım değerli Moletik okurları.
Genetik Dili Anlayan Bir Zekâ
Barselona’daki Centre for Genomic Regulation‘dan araştırmacılar, biyolojinin dilini konuşan bir yapay zekâ geliştirdi. Bu model, doğada hiç görülmemiş DNA düzenleyici dizilerini sıfırdan üretebiliyor. Diziler; genleri sadece belirli hücre tiplerinde açıp kapatabiliyor, tıpkı ışığı açıp kapatmak gibi.
Araştırmacılar, kan hücrelerinin gelişim evrelerinde 64.000’den fazla sentetik “enhancer dizileri” üretti. Bu diziler, 38 farklı transkripsiyon faktörünün etkileşimini test etti. Sonuçlar, bazı kombinasyonların genleri açmak yerine tamamen susturduğunu gösterdi. Bu “negatif sinerji”, doğanın gen ifadesini yönetme biçiminde daha önce görülmemiş bir karmaşıklığı ortaya koydu. Ve en önemlisi, AI; bu karmaşayı çözmekle kalmadı, yeniden yazmayı öğrendi. Artık hücreye, “kırmızı kan hücresi ol ama trombosit olma” denilebiliyor.
AI’nın Yazdığı Virüsler: Hayatı ve Ölümü Kodlamak
Standford Üniversitesi’nden araştırmacılar, AI modellerini kullanarak ilk kez baştan sona işlevsel bir viral genom tasarlamayı başardılar. Daha önce AI; DNA dizileri, proteinler veya küçük genetik bileşenler üretebiliyordu ancak bu kez hedef; tam bir genomun tasarlanmasıydı. Evo 1 ve Evo 2 ismini verdikleri DNA, RNA ve protein dizilerini analiz edip üretebilen yapay zekâ modelleri kullanarak ilk kez tam genom düzeyinde virüs tasarımı gerçekleştirdi. Modeller, milyonlarca bakteriyofaj genomunu öğrendikten sonra, E. coli bakterisini hedef alan 302 yeni faj oluşturdu. Bunlardan 16’sı canlı bakterileri enfekte edip öldürmeyi başardı. Bu virüslerin bazıları doğadaki örneklerden tamamen farklı genetik yapılara sahipti.
Standford Üniversitesi Kimya Mühendisliği’nde Asistan Profesör olarak görev alan hesaplamalı biyolog Brian Hie “Bu, yapay zekâ sistemlerinin ilk kez tutarlı ve bütüncül genom ölçeğinde diziler yazabildiği bir an, bir sonraki adım, yapay zekâ tarafından üretilmiş yaşam.” diyor.
Ancak meslektaşı Samuel King, “Tam anlamıyla yaşayan bir organizma tasarlayabilmek için hâlâ çok sayıda deneysel ilerleme gerekiyor.” uyarısında bulunuyor.
Heidelberg Üniversitesinden Kerstin Göpfrich’in hatırlattığı gibi: “Her bilimsel ilerleme, iki yönlüdür: İyileştirmek ya da zarar vermek.”
AI’ın tasarladığı virüslerin insanları enfekte etmesi şimdilik engellenmiş durumda, modeller insan hücrelerini etkileyen dizilerden bilinçli olarak arındırıldı.
Ama şu soru geliyor aklına insanın: “Bir gün kendi yarattığı genlerle evrimleşen bir zeka ile karşılaşırsak, onu kim kontrol edecek?”.
Bir zamanlar doğa; canlıyı yazıyordu, şimdi insan doğayı yazıyor. Ama bu kez kalem, insandan çok algoritmanın elinde. Bu iki çalışma; biyolojiyi mühendisliğe dönüştürmenin ötesinde, yapay zekâyı biyolojinin diline çevirmede bir öncü rolü üstlenmiştir.
Belki de bundan sonra “yaşam”ı tanımlamak için yeni bir sözcüğe ihtiyacımız olacak, kim bilir…
Kaynak
Center for Genomic Regulation (CRG). “AI-designed DNA controls genes in healthy mammalian cells for first time.” ScienceDaily, 8 May 2025. DOI: 10.1016/j.cell.2025.04.017
Robert Frömel, Julia Rühle, Aina Bernal Martínez, Chelsea Szu-Tu, Felix Pacheco Pastor, Rosa Martinez-Corral, Lars Velten. Design principles of cell-state-specific enhancers in hematopoiesis. Cell (2025).
Katie Kavanagh. “AI-designed viruses are a step towards AI-generated life.” Nature 646, 16 (2 October 2025).
S. H. King et al. Preprint at bioRxiv (2025). https://doi.org/p7dj
